Čistě saprofytní houby (třeba hlíva ústřičná) se živí mrtvým dřevem (a jinou organickou hmotou) a na zahradě mají pozitivní účinky (urychlují rozklad).

Mykorhizní houby (např. zmíněné hřibovité) se živí převážně spoluprací s rostlinami a na zahradě mají také pozitivní účinky (usnadňují rostlinám čerpání živin z půdy).

Problém může být s houbami, které jsou čistě nebo částečně parazitní (např. ta václavka, která je sice saprofytní, ale napadá živé rostliny, které si napřed zabije).