Aha, takhle mi nenapadlo nad tím uvažovat.  Spíš si myslím, že tak, jak to píšete, by to fungovalo lépe obráceně, nejdřív síto, a pak vortex. Skrze síto Vám toho ještě docela dost projde, a tady by pak sedimentace na vortexu na drobný kal mohla fungovat v tomto případě lépe. Další důvod proč bych dal nejdřív síto a pak teprve vortex je to, že u síta nečistoty prakticky oddělíte mimo vodu, zatímco u vortexu je máčíte tak dlouhou, dokud ho nevypustíte.  To smáčení té zachycené hmoty bych nepodceňoval.
Aniž bych vortex nějak haněl, myslím, že místo něj bude lépe použít nějakou komoru s filtračním mediem - tedy pokud bude první síto. Nějakou mechanickou filtraci zastane také, a (de)nitrifiakce v ní bude tak příjemný bonus :)
O jak velké nádrži mluvíte? S rybami?