Pokud jsou otvory v médiu moc malé, rychle zarostou koloniemi bakterií a po jejich odumření mohou zpětně kontaminovat vodu. Médium s drobnými otvory se obvykle nedá dostatečně čistit, takže po zaplnění otvorů je nutné ho vyměnit. Molitan nabo biokuličky se dají vyprat a tedy použít dlouhodobě.
Pokud v nějaké biologické filtraci není odkalovací otvor, tak je něco špatně. Každá nádrž se musí alespoň 1x ročně vyčistit a propláchnout.
"Vaření" vody probubláváním je spíše reklamní trik. I při silném probublávání se biokuličky po nárůstu kolonií bakterií obvykle hodně zklidní a skoro se nepohybují. Voda je ale obvykle dostatečně provzdušněna už z bubnového filtru.
