Je otázkou, jak byla studna vyčištěná, dnes se do toho pouští spousta "firem", které s tím nemají žádné zkušenosti. Pokud se nejedná o studnařskou firmu, která studny i kope a montuje do nich čerpadla, je výsledek obvykle na snadě. Pokus jsou kořeny mrtvé, měly by se ze studny odstranit, jinak lze těžko mluvit o důkladném vyčištění. Důvodem však může být znečištěná voda, která již do studny přitéká. Mělo by pomoci pravidelné dezinfikování nebo, v nejtěžších případech, zařazení dávkovače dezinfekce do systému (pokud se jedná o biologické znečištění). Stává se však, poslední dobou zejména u vrtů, které mají jímat "spodní čistou vodu", že dojde k navrtání vrstev, které obsahují různé minerály nebo plyny (např. sirovodík), které je velmi složité odstanit a učinit vodu použitelnou. V některých oblastech (karlovarsko) jsou místa, kde jsou tyto problémy plošné. Pokud je původcem problému špatné chemické složení vody, pomůže jen kvalitní filtr s úpravnou (nejméně několik tisíc). V některých případech (často na chatách) je problém v malém odběru vody ze studny. Pokud je dostatečný přítok, je dobré vodu pravidelně odebírat a alespoň jedenkrát ročně vyčerpat co nejvíce vody ze studny (tzv. do dna). A alespoň 2x ročně aplikovat dávku Sava na pitnou vodu nebo používat Sagen.