Rezavýmí částmi myslíte napadení rzí hrušňovou, předpokládám. Pokud je to masivní napadení a ne jen jeden flíček na jedné větvi, tak bych řekl, že perspektiva není dobrá. Rez ve dřevě nelze vyléčit a přestože se teď "zatáhne", tak příští jaro se opět objeví "oranžový hnus". Jediné řešení je odstranění napadených částí - pokud je napadena větev až hluboko uvnitř keře, tak odstranit celou větev. Tento rok ustřihnete několik větví, keř nebude hezký a bude oslabený. Za rok nebo dva ustřihnete další větve a nakonec keř vykopete. Bude Vás to stát jen práci a čas, který ztratíte a za který by tam mohla narůst nová, pěkná rostlinka. Trváte-li na jalovci i přesto, že ho lze nahradit mnoha jinými koniferami, existují druhy jalovců, které nejsou náchylné k napadení rzí hrušňovou. Podle Vašeho popisu bych tedy doporučil nemocný jalovec zlikvidovat raději hned, vysadit něco nového a mít jistotu, že za pár let tam bude pěkná okrasná rostlinka a ne polomrtvé torzo starého jalovce.